近日，基因中心聯(lián)合華大基因研究院在著名期刊《Microbiology Spectrum》（IF=7.1）發(fā)表了題為“A bacterial genome and culture collection of gut microbial in weanling piglet”的研究論文（論文網(wǎng)址：https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.02417-21）?；蛑行亩┎┦繛榈谝蛔髡?，基因中心魏文康研究員和華大基因研究院鄒遠(yuǎn)強(qiáng)博士為共同通訊作者。

豬正常的胃腸道微生物菌群組成異常復(fù)雜，對(duì)防病及免疫能力發(fā)揮著重要作用。然而，構(gòu)成豬腸道生態(tài)菌群的單個(gè)菌種及其具體的功能未能完全清楚確定。因此，基因中心微生物資源研究團(tuán)隊(duì)基于培養(yǎng)組學(xué)和宏基因組學(xué)的聯(lián)合方法，成功建立了一個(gè)包括266個(gè)培養(yǎng)菌基因組（WGS）和482個(gè)宏基因組組裝基因組（MAG）的代表集合，這些菌基因組覆蓋10個(gè)門(mén)的428個(gè)物種；研究發(fā)現(xiàn)，在這些聚類(lèi)的菌種中，有333個(gè)基因組代表了潛在的新菌種，有兩千多株培養(yǎng)菌株中聚類(lèi)的266個(gè)菌類(lèi)的WGS基因組和宏基因組組裝MAG之間重合基因較少，從而發(fā)現(xiàn)了單獨(dú)通過(guò)單個(gè)組學(xué)方法策略構(gòu)建參考基因組會(huì)產(chǎn)生重大偏差而發(fā)現(xiàn)不了的菌群種，成功構(gòu)建更完善的宏基因組參考基因集，為后續(xù)測(cè)序手段的腸菌檢測(cè)得到更好的注釋結(jié)果打下基礎(chǔ)。在全面地解析仔豬腸道微生物組和功能方面，新發(fā)現(xiàn)腸道微生物基因集中糖苷水解酶是主要類(lèi)別的碳水化合物活性酶基因；從292個(gè)基因組中預(yù)測(cè)出445個(gè)次生代謝物生物合成基因中細(xì)菌素最多；在羅伊氏乳桿菌的泛基因組分析中，揭示羅伊氏菌素的生物合成的特異性。該研究提供了斷奶仔豬腸道微生物組組成和功能景觀的全面視圖，為進(jìn)一步對(duì)腸道微生態(tài)菌群新菌種挖掘、驗(yàn)證和抗病機(jī)制及應(yīng)用研究，提供了物質(zhì)基礎(chǔ)資源和科學(xué)依據(jù)。

該項(xiàng)研究成果可為后續(xù)宿主——菌株互作關(guān)系研究提供基礎(chǔ)，為通過(guò)動(dòng)物腸道微生物組的靶向調(diào)控、實(shí)現(xiàn)健康養(yǎng)殖新模式提供理論支持，同時(shí)為動(dòng)物用益生菌相關(guān)新型產(chǎn)品的開(kāi)發(fā)提供重要依據(jù)參考。

本研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金（32002287），廣州市科技項(xiàng)目（201804010338, 202102080151），廣東省科技項(xiàng)目（2014B020201002, 2016A030303034）和農(nóng)業(yè)農(nóng)村部廣東華南省現(xiàn)代種業(yè)產(chǎn)業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、廣東省農(nóng)作物種質(zhì)資源保存與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等項(xiàng)目資助。